该 新教神学系 （最初被称为 胡斯捷克斯洛伐克新教神学系）成立于布拉格1919年4月28日。 在第一次世界大战之前，曾在捷克土地（这在当时天主教奥地利的一部分），为考生部不得不去维也纳学习的新教徒的限制。 通过设立新的捷克斯洛伐克的状态后，爆发了完全的宗教自由。
改革和路德新教统一成为捷克弟兄们的福音派教会，和它的第一个行动之一是建立新教神学的一个学院，培养其神学的学生和来自其他教会。 在其存在的第一年，学院有14名学生，但很快这个在1929年增长到78，1923年和160。 女性开始于1922年在该学院学习;他们的人数大幅增加后捷克弟兄们的福音派教会的主教决定女人注定该部于1953年。 在德国占领学院被关闭，随着高等教育大多数其他机构一起，但恢复活动时，第二次世界大战已经结束。 在1949-50有230名学生。
1950年共产主义国家决定教师应分为两大流派：在胡斯神学院从捷克斯洛伐克胡斯教会学生和夸美纽斯新教神学系从捷克弟兄们的福音派教会学生和小教堂。 在共产党的夸美纽斯系经历了很多的困难和学生的数量下降到100以下。 对于大多数20世纪50年代和60年代的院长是领先的捷克新教神学家约瑟夫LuklHromádka。 共产党政权1989年倒台后，新的机遇开辟了夸美纽斯学院。 有在学生的数量大幅增加。 1990年，夸美纽斯学院被并入查理大学，并更名为新教神学院。 1995年，移动到现址更大的场所。 在2007 - 2008年该学院有大约500名学生和大约25个教学人员。
学院印章及其符号
想想 - 法 - 讲：神学的盐
对教师帕维尔Filipi会徽的一些想法当布拉格新教神学系成立于1919年，其创始人都面临着一个小小的任务，此外还有更多大的：怎么能代表象征，他们建立在传统和他们瞄准的目标。 因此，他们设计了一个新的标志，今天仍然作为学院的印章。
如何其象征意义要理解？
在一个圆形设计的中心，我们看到一只酒杯。 这标志着不够清楚与捷克宗教改革的遗产的联系，特别是与胡斯宗教改革，这在主的晚餐庆祝由非专业人员重新圣杯的接收。 1417年布拉格大学的整个神学院呼吁两种共融下，以革命的一面，从而危及它的存在：在一年内康斯坦茨理事会已撤销其许可证任教。 在选择这个符号，新的学部表明它致力于圣杯（这一切可能带来）正如胡斯派一直是，而且它拒绝任何形式的教权主义，包括神学教权主义。
在圆的设计的上半部分，我们可以读出拉丁词：SAPERE，AGERE，LOQUI，这意味着英语：思考，行动，说话。 这个口号的历史起源可追溯到扬科门斯基阿莫斯（夸美纽斯），教友老团结的最后主教。 这些术语和它们连接在一起的方式的选择可以在没有任何进一步的解释来理解。 新教师要培养应该是学术性的，需要严格的知识学科的神学;它应该是实用的，领先的行动;最后，应该基于对话，拒绝来自该字将整个真相分开的所有其他手段。 在该条款下订单，也许令人惊讶，与排在第三位“说话”，形成了校训的高潮。 但是，当我们记住了极其重要的捷克宗教改革附神的话语的自由，这惊讶消失。 自由宣告解放话语本身的“自由行动”（ACTUS liberimus Omnium公司），并能够从它的巴比伦囚禁释放基督教。 一次又一次，即使在最压抑的时候，捷克基督教新教所经历的事实，即“神的话却不被捆绑”（2添。 2：9），并且，相反它为自己周围自由语音的空间。 从这个经验和传统上之后，学院创始人承诺建立教师言论自由的避难所，根植于神的话语的自由。
在徽章的中心部分，以圣杯的左侧和右侧，是两个引用圣经的形式难题 - 利未记2:13和马克9:49。 在这两个通道字的“盐”（拉丁文SAL）是被发现。 当我们意识到，在校训三个词的首字母（Sapere，杰尔，Loqui）共同构成了拉丁词SAL的座右铭和圣经报价之间的连接变得清晰。
但有神学和神学院做盐？ 是什么让我们的前辈谁选择会徽的设计，从那里盐提到在圣经中许多地方中选择这两段话？ 今天，我们只能猜测他们心目中的注释。 然而，我们可以合理地从马克报价，他们不得不在他们面前的版本是一个不也许由原稿所证实，但往往是在圣经的翻译归正发现。 根据这个版本，耶稣的话是：“每一个牺牲将盐咸。”我们感到鼓舞的是，在这两个通道词“盐”是密切祭祀的概念联系在一起感到震惊。 利未记2:13嘱咐：“你应季的所有粮食产品与盐。 不要让你的上帝立约的盐你的粮产品的。 加入盐您的所有产品。“神学作为参考牺牲？ 难道学院的创始人想强调的是，教师应继续将其注意力转向基督教信息的核心 - 基督在十字架上的牺牲？ 也许。 但也许他们有别的东西记住，当他们设计的会徽。 在这两个报价盐被称为该变得溶解并分散于整个祭祀的额外成分。 而这种自我解散，自我传播是神学的基本功能之一。 通过质疑自己的自我保护的本能，它承诺其整个的思维，行动和说话的基督教和公民团体的服务，提醒并保护他们免受利己主义的腐败，并鼓励他们无私地服务于那些谁被认为是这个世界上最重要的。 这样的神学能使其朝着确保人类大家庭不失去自我否定和自愿放弃的尺寸，没有它人的尊严，也没有和平共处的生活是可能的贡献。